Problems of the formation, detection and influence of bacterial biofilms

Teoretická část disertační práce se zabývá tvorbou bakteriálního biofilmu u patogenů vyskytujících se v potravinářském průmyslu, možnostmi jeho ovlivnění a metodami detekce. V části experimentální jsou shrnuty použité metody detekce biofilmu a metody pro rozlišení živých a mrtvých buněk. Některé metody byly nově zavedeny a optimalizovány. Pomocí vybraných metod byla sledována tvorba biofilmu u několika zástupců rodu Arcobacter, Campylobacter, Cronobacter, Staphylococcus a Listeria.The theoretical part of the thesis concerns with the formation of bacterial biofilm of pathogens found in food industry, possibilities of influencing biofilm and methods for its detection. In the experimental part are summarized methods for detection of biofilm, methods for distinguishing of died and viable cells. Some methods have been newly established and optimized. The formation of biofilm was monitored using methods for several species of the genus Arcobacter, Campylobacter, Cronobacter, Staphylococcus and Listeria.Fakulta chemicko-technologick

Nature consult Ltd - consulting service to municipalities in the field of landscape care

Diplomová práce se zaměřuje na vytvoření společnosti Nature consult s. r. o. zaměřené na poskytování poradenství obcím v oblasti komplexních pozemkových úprav. Záměr vytvořit tuto společnost vychází jednak z narůstající potřeby zvýšit účinnost prevence negativních dopadů změn klimatu, jednak z poznatků projektu Čistá voda pro Plzeň, který byl realizován z větší části na náklady řešitelů (dobrovolníků). Cílem práce je vytvoření podnikatelského subjektu, který na základě využití komunitní práce pomůže obcím s realizací účelně provedených komplexních pozemkových úprav. Předpokládanou náplní činnosti společnosti je osvěta, facilitace, pomoc při přípravě žádostí o realizaci komplexních pozemkových úprav a dohled nad jejich konečným řešením. Přínosem činnosti společnosti bude obnova hlavních funkcí kulturní krajiny a zvýšení kvality života na venkově.The thesis focuses on the creation of Nature consult Inc. aimed at providing advice to municipalities in comprehensive land consolidation. The intention of creating this com-pany comes out of the growing need to improve the effectiveness of prevention of negative impacts of climate change, and from the findings of the project Čistá voda pro Plzeň, which was realized largely at the expense of investigators (volunteers). The goal of the thesis is to create a business that is based on the use of community work which will help municipalities with the realisation of purposefully conducted comprehensive land consolidation. The expected activity of the company is education, facilitation, help with preparing applications for the realisation of comprehensive land consolidation and su-pervising the final solutions. The benefit of the company will be restoration of the main functions of the cultural landscape and enhancement of the quality of rural life

Nature consult Ltd - consulting service to municipalities in the field of landscape care

The thesis focuses on the creation of Nature consult Inc. aimed at providing advice to municipalities in comprehensive land consolidation. The intention of creating this com-pany comes out of the growing need to improve the effectiveness of prevention of negative impacts of climate change, and from the findings of the project Čistá voda pro Plzeň, which was realized largely at the expense of investigators (volunteers). The goal of the thesis is to create a business that is based on the use of community work which will help municipalities with the realisation of purposefully conducted comprehensive land consolidation. The expected activity of the company is education, facilitation, help with preparing applications for the realisation of comprehensive land consolidation and su-pervising the final solutions. The benefit of the company will be restoration of the main functions of the cultural landscape and enhancement of the quality of rural life

E-Government and Data Boxes

This bachelor thesis is divided into two parts. In the first section, the readers can learn a little about computerization of public administration and communication with government authorities in Czech Republic. The second part of the bachelor thesis is focusing on the data boxes

Citlivost a multirezistence isolátů Arcobacter spp. v rámci České republiky

Arcobacter spp. is Gram-negative, slender, spiral-shaped rods and belong to the family Campylobacteraceae. Many of these species have been isolated especially from poultry, meat, faeces, and from aborted cattle foetuses. Major route of Arcobacter transmission to human is consumption of contaminated foods of animal origin as well as non-treated water drinking . Resistance to commonly used antibiotics observed among Arcobacter spp. emphasises the importance of research in this area. The aim of this study was to evaluate the antimicrobial susceptibility of A. butzleri and A. cryaerophilus isolated from meat poultry, waste water and human faeces within the Czech Republic.Bakterie rodu Arcobacter patří do čeledi Campylobacteraceae a jedná se o gramnegativní zakřivené tyčinkovité bakterie. Rody Campylobacter a Arcobacter lze kultivačně odlišit, kampylobaktery zpravidla vyžadují kultivaci při teplotě 42 °C za mikroaerofilních podmínek, arkobaktery dobře přežívají nižší kultivační teploty (15–30 °C) a prostředí atmosféry kyslíku. Tyto bakterie mohou způsobovat onemocnění gastrointestinálního traktu, v některých případech se závažným klinickým obrazem, u jedinců, kteří nejsou imunokomprimováni je průběh lehčí nevyžadující antibiotickou léčbu

Virulence factors and biofilm formation of arcobacters

Arkobaktery jsou obávané bakterie z potravin. K detekci virulentně asociovaných genů se využívá celá řada metod. Mezi nejvyužívanější techniky v současné době patří metody molekulárně-biologické, založené na polymerázové řetězové reakci. Pro hodnocení tvorby biofimu se využívají například metody kultivační a mikroskopické, avšak především metody molekulárně-biologické či spektrofotometrickéArcobacters are food-borne pathogen. There are several methods for virulence factors detection, e.g. molecular-biological methods (based on polymerase chain reaction). Cultivation, microskopic and molecular-biological methods are able to use for evaluation of biofilm formation

Citlivost izolátů arkobakterů z různých zdrojů k 18 antibiotikům a multirezistence v rámci České republiky

Objectives: Arcobacter spp. are considered to be potential foodborne pathogens, and consumption of contaminated food containing these bacteria could endanger human and animal health. Arcobacter butzleri and Arcobacter cryaerophilus are the species most frequently isolated from food of animal origin and from other samples. The aim of this study was to evaluate the susceptibility of arcobacters isolated in the Czech Republic. No information about antibiotic susceptibility and multidrug resistance of arcobacters isolated in the Czech Republic is available in the literature before now. Methods: The antimicrobial resistance of A. butzleri (n = 80) and A. cryaerophilus (n = 20) isolated from meat of animal origin, water sources and clinical samples was examined by the disk diffusion method. Results: Arcobacters were resistant to one or more antimicrobial agents in 99% (99/ 100) of tested isolates. Most of the Arcobacter isolates were resistant to beta-lactam antibiotics, i.e. ampicillin (81.0%), amoxicillin/clavulanic acid (28.0%), cefalotin (73.0%) and aztreonam (93.0%). Arcobacters were also frequently resistant to lincosamides, i.e. clindamycin (98.0%). Of the aminoglycosides, amikacin, gentamicin and tobramycin were evaluated to be the most effective antibiotics among those tested against arcobacters. Conclusions: These results demonstrate substantial resistance in Arcobacter isolates to 18 antimicrobial agents commonly used in medical and veterinary medicine. Multidrug resistance was found in 93.8% (75/80) of A. butzleri isolates and 70.0% (14/ 20) of A. cryaerophilus isolates.Arcobacter spp. je považován za potenciální potravinový patogen. Arcobacter butzleri a Arcobacter cryaerophilus jsou nejčastěji izolované druhy z potravin živočišného původu. Cílem této studie bylo zhodnotit citlivost arkobakterů izolovaných v rámci ČR. V literatuře nejsou k dispozici zatím žádné informace o citlivosti na antibiotika a multirezistenci arkobakterů izolovaných v České republice. Antimikrobiální rezistence byla zkoumána metodou diskové difuze u kmenů A. butzleri (n = 80) a A. cryaerophilus (n = 20) izolovaných z masa živočišného původu, zdrojů vody a klinických vzorků. Arkobaktery byly rezistentní na jedno nebo více antimikrobiálních látek u 99% (99/100) testovaných izolátů. Většina izolátů Arcobacter byla rezistentní vůči beta-laktamovým antibiotikům, tj. ampicilinu (81,0%), amoxicilinu / kyseliny klavulanové (28,0%), cefalotinu (73,0%) a aztreonamu (93,0%). Arkobaktery byly také často rezistentní vůči linkosamidům, tj. klindamycinu (98,0%). Z aminoglykosidů byly amikacin, gentamicin a tobramycin vyhodnoceny jako nejúčinější antibiotika Tyto výsledky prokazují značnou rezistenci u izolátů Arcobacter k 18 antimikrobiálním látkám běžně používaným v medicínské a veterinární medicíně. Multirezistence byla zjištěna u 93,8% (75/80) izolátů A. butzleri a 70,0% (14/20) izolátů A. cryaerophilus

Výskyt genů faktorů virulence u kmenů Arcobacter butzleri a Arcobacter cryaerophilus izolovaných v rámci České republiky

Bacteria of the Arcobacter genus, originating mainly from food and water, are dreaded germs for humans as well as animals. However, the virulence of these bacteria has not been fully elucidated yet. This study looked at the occurrence of eight virulence-associated factors (ciaB, cj1349, pldA, irgA, hecA, tlyA, mviN, hecB) in a total of 80 isolates of A. butzleri and 22 isolates of A. cryaerophilus. A polymerase chain reaction using specific primers was used to detect these virulence–associated genes. The presence of all genes in the isolates of A. butzleri (98.8% ciaB, 95.0% cj1349, 98.8% pldA, 22.5% irgA, 31.3% hecA, 95.0% tlyA, 97.5% mviN, 38.8% hecB), and A. cryaerophilus (95.5% ciaB, 0.0% cj1349, 9.1% pldA, 0.0% irgA, 0.0% hecA, 31.8% tlyA, 90.9% mviN, 0.0% hecB) was monitored. Among the tested isolates, there were 13 isolates (12.7%) of A. butzleri, in which the presence of all eight virulence–associated genes was recorded in the genome. In contrast, in one A. cryaerophilus strain, none of the observed genes were detected. The presence of ciaB and mviN genes was significantly more frequent in A. cryaerophilus isolates than other genes (P <0.05). In general, more virulence-associated genes have been detected in A. butzleri isolates compared to A. cryaerophilus. The most common gene combination (ciaB, cj1349, pldA, tlyA, mviN) was detected in case of 39 isolates. In 50.0% of A. butzleri isolates derived from clinical samples, all eight virulence-associated genes were significantly more frequently detected (P <0.05). The tlyA gene was significantly more frequent occurred in A. butzleri isolates from meat and water samples, and irgA and hecB genes in clinical samples. Therefore, our study provides information about occurrence of virulence-associated genes in genome of Arcobacter-isolates. Our results indicate high incidence of virulence-associated genes in Arcobacter genomes and hence potentially pathogenic properties of the studied strains.Bakterie rodu Arcobacter (A.) pocházející zejména z potravin a vody jsou obávané bakterie pro lidi, ale i zvířata. Avšak virulence těchto bakterií není zcela objasněna. V rámci této studie byl sledován výskyt 8 vybraných faktorů virulence (ciaB, cj1349, pldA, irgA, hecA, tlyA, mviN, hecB) u celkem 80 kmenů A. butzleri a u 22 kmenů A. cryaerophilus. Kmeny zahrnuté do této studie pocházely ze vzorků potravin, vod, avšak jednalo se také o kmeny pocházející od pacientů trpících arkobakteriózou. Pro detekci těchto virulentně–asociovaných genů byla použita polymerázová řetězová reakce s využitím specifických primerů. Byla zaznamenána přítomnost sledovaných genů u kmenů A. butzleri (98,8% ciaB, 95,0% cj1349, 98,8% pldA, 22,5% irgA, 31,3% hecA, 95,0% tlyA, 97,5% mviN, 38,8% hecB) a A. cryaerophilus (95,5% ciaB, 0,0% cj1349, 9,1% pldA, 0,0% irgA, 0,0% hecA, 31,8% tlyA, 90,9% mviN, 0,0% hecB), avšak v poměrně rozdílné míře. Mezi testovanými kmeny bylo 13 kmenů (12,7%) A. butzleri, u kterých byla v genomu zaznamenána přítomnost všech 8 virulentně–asociovaných genů. Naopak u jednoho kmene A. cryaerophilus nebyl zaznamenán žádný ze sledovaných genů. Přítomnost ciaB a mviN genů byla u izolátů A. cryaerophilus významně častější ve srovnání s jinými geny (P ≤ 0,05). Celkově více virulentních genů bylo zaznamenáno u kmenů A. butzleri (nejčastější genová kombinace ciaB, cj1349, pldA, tlyA, mviN, která byla zaznamenána v případě 39 kmenů) ve srovnání s A. cryaerophilus. Všech 8 virulentních genů bylo významně častěji detekováno u kmenů A. butzleri pocházejících z případů lidské enteritidy (50,0%, P ≤ 0,05)

Výskyt genů faktorů virulence u izolátů Arcobacter butzleri a Arcobacter cryaerophilus izolovaných z potravin, vody a klinických vzorků v rámci České republiky

Bacteria of the Arcobacter (A.) genus, originating mainly from food and water, are dreaded germs for humans as well as animals. However, the virulence of these bacteria has not been fully elucidated yet. This study looked at the occurrence of eight selected virulence factors (ciaB, cj1349, pldA, irgA, hecA, tlyA, mviN, hecB) in a total of 80 strains of A. butzleri and 22 strains of A. cryaerophilus. The strains included in this study were derived from samples of food and water, but there were also strains from patients suffering from arcobacteriosis. A polymerase chain reaction using specific primers was used to detect these virulence–associated genes. The presence of the observed genes was observed in the strains of A. butzleri (98.8% ciaB, 95.0% cj1349, 98.8% pldA, 22.5% irgA, 31.3% hecA, 95.0% tlyA, 97.5% mviN, 38.8% hecB), and A. cryaerophilus (95.5% ciaB, 0.0% cj1349, 9.1% pldA, 0.0% irgA, 0.0% hecA, 31.8% tlyA, 90.9% mviN, 0.0% hecB), but to a varying extent. Among the tested strains, there were 13 strains (12.7%) of A. butzleri, in which the presence of all 8 virulence–associated genes was recorded in the genome. In contrast, in one A. cryaerophilus strain, none of the observed genes were detected. The presence of ciaB and mviN genes was significantly more frequent in A. cryaerophilus isolates than in other genes (P ≤ 0.05). In general, more virulent genes have been detected in A. butzleri strains (the most common gene combination of ciaB, cj1349, pldA, tlyA, mviN detected in 39 strains) compared to A. cryaerophilus. In 50.0% of A. butzleri strains derived from cases of human enteritis, all 8 virulent genes were significantly more frequently detected (P ≤ 0.05).Bakterie rodu Arcobacter (A.) pocházející zejména z potravin a vody jsou obávané bakterie pro lidi, ale i zvířata. Avšak virulence těchto bakterií není zcela objasněna. V rámci této studie byl sledován výskyt 8 vybraných faktorů virulence (ciaB, cj1349, pldA, irgA, hecA, tlyA, mviN, hecB) u celkem 80 kmenů A. butzleri a u 22 kmenů A. cryaerophilus. Kmeny zahrnuté do této studie pocházely ze vzorků potravin, vod, avšak jednalo se také o kmeny pocházející od pacientů trpících arkobakteriózou. Pro detekci těchto virulentně–asociovaných genů byla použita polymerázová řetězová reakce s využitím specifických primerů. Byla zaznamenána přítomnost sledovaných genů u kmenů A. butzleri (98,8% ciaB, 95,0% cj1349, 98,8% pldA, 22,5% irgA, 31,3% hecA, 95,0% tlyA, 97,5% mviN, 38,8% hecB) a A. cryaerophilus (95,5% ciaB, 0,0% cj1349, 9,1% pldA, 0,0% irgA, 0,0% hecA, 31,8% tlyA, 90,9% mviN, 0,0% hecB), avšak v poměrně rozdílné míře. Mezi testovanými kmeny bylo 13 kmenů (12,7%) A. butzleri, u kterých byla v genomu zaznamenána přítomnost všech 8 virulentně–asociovaných genů. Naopak u jednoho kmene A. cryaerophilus nebyl zaznamenán žádný ze sledovaných genů. Přítomnost ciaB a mviN genů byla u izolátů A. cryaerophilus významně častější ve srovnání s jinými geny (P ≤ 0,05). Celkově více virulentních genů bylo zaznamenáno u kmenů A. butzleri (nejčastější genová kombinace ciaB, cj1349, pldA, tlyA, mviN, která byla zaznamenána v případě 39 kmenů) ve srovnání s A. cryaerophilus. Všech 8 virulentních genů bylo významně častěji detekováno u kmenů A. butzleri pocházejících z případů lidské enteritidy (50,0%, P ≤ 0,05)

Occurence of the genus arcobacter at pet cets and dogs

Tato práce se zabývá zhodnocením výskytu Arcobacter spp. u koček a psů v České republice. Tato zvířata mohou být přenašeči sledovaných bakterií a zároveň potenciálními zdroji lidské infekce. Zvířatům byly pomocí stěrových tamponů a kartáčků odebrány bukální stěry. Na základě předchozích studií byly pro izolaci DNA použity komerčně dostupné DNA kity. Vzorky byly analyzovány pomocí polymerázové řetězové reakce (PCR) a vyhodnocovány gelovou elektroforézou. Celkem bylo testováno 178 vzorků, z čehož 108 vzorků pocházelo od psů a 70 vzorků od koček. Ze všech stěrů bylo 5 pozitivních. Ve čtyřech případech vzorek pocházel od psa, v jednom od kočky. Pomocí PCR byla ve všech pěti případech potvrzena přítomnost Arcobacter butzleri. Při opakovaném odběru vzorků byla přítomnost arkobakterů prokázána u jednoho vzorku pocházejícího od psa.This thesis evaluates of the occurrence of the genus Arcobacter in cats and dogs in the Czech Republic. These animals may be carriers of this bacteria and potential sources of human infection. Were collected buccal swabs of animals with tampons and brushes. Based on previous studies, for DNA isolation were used commercially available DNA kits. Samples were analyzed using polymerase chain reaction and evaluated by gel electrophoresis. Were tested 178 bucal swabs, of which 108 samples were from dogs and 70 samples were from cats. Of all the bucal swabs were positive 5. Four samples have been from a dog, one of the cat. In all five positive cases was confirmed the presence of Arcobacter butzleri with using PCR. With repeated sampling, the presence of Arcobacter butzleri was demonstrated in one sample from a dog